Hertugens første ladegård var en bindingsværkgård med stråtag, der lå tæt på slottet. Omkring 1730 opstod der en voldsom brand, som kunne have bredt sig til slottet. Derfor besluttede hertugen, at opføre en ny ladegård i sikker afstand.

Augustenborg hovedgård blev opført som ladegård til slottet i 1733. En ladegård var en selvstændig gård, hvorfra de større godsers jorder og produktion blev administreret. Slottet var hertugernes fyrstelige bolig, og hovedgården var centrum i godsets landbrugsdrift.

I 1700-tallet blev ladegården drevet af forpagtere, som havde forpagtningen i en længere periode og boede på gården. Den oprindelige hovedbygning fra 1733 blev senere erstattet af den nuværende fra 1827. Bygningen er i én sammenhængende fløj, hvidkalket og med en bred gennemgående gavlkvist.

I 1852 beslaglagde den danske stat hovedgården og indsatte en forvalter, men i 1860 blev gården sat på offentlig auktion på Slotshotellet. Her blev den købt af kammerråd Hans Frederik Fenger, der året forinden var flyttet til byen for at købe en af de hertugelige gårde.

Af den oprindelige Augustenborg hovedgård står endnu en stor, stråtækt lade med årstallet 1733. Laden er opført i samme røde og gule sten som staldgården på slottet. Med sine 744 kvadratmeter er den en af de største stråtækte lader i landet. Den er opført på kampestenssokkel og fem skifter af røde munkesten. Indvendigt består bygningen af en række store rum med frit udsyn til den imponerende tagkonstruktion. En søsterlade i samme størrelse, der blev brugt til malkekvæg og foder, nedbrændte desværre i 1908.

Under orkanen i 1999 fik stråtaget store skader, og der blev brugt over 10.000 bundter strå til reparationen. Da ladebygningen er fredet, skulle tækningen foregå efter de gamle metoder.

Siden auktionen har gården været på private hænder, og den er i dag ejet af familien Nissen, som vedligeholder bygningerne og dammen få fornem vis. Dammen er den sidste af hertugens fire karpedamme.