Augustenborg havn er en naturhavn, der ligger i bunden af Augustenborg fjord. Den består af en ”langskibskaj”, der strækker sig fra slusen ved dæmningen (Banegårdsgade) til Augustenborg Sejlklub. Ved sejlklubben finder vi også den hyggelige lystbådehavn med faciliteter til sejlere og besøgende. Strandpromenaden ved lystbådehavnen fører til slottet, parken og skoven.

Hertugernes store byggeaktiviteter ifm. opførelsen af slottet og byen betød, at der løbende var behov for mursten, kalk, tømmer og andre byggematerialer, der ankom med skib. Siden blev havnen også brugt til lastning og losning af andre varer, såsom korn, træ og frugt. Der var en stor produktion af æbler og anden frugt på Als, som bl.a. blev solgt i København og Flensborg. Der blev også fremstillet Augustenborgsmør, som var et eftertragtet mærke i hovedstaden.

Senere udviklede havnen sig til en industrihavn med store lagerbygninger og siloer, til korn og foderstoffer. I dag er silobygningerne ikke længere i brug, og havnen præges af lystsejlere og fritidsfiskere.

Lystbådehavnen fortsætter langs dæmningen, hvor der bl.a. ligger to bemærkelsesværdige skibe: Vikingeskibet Sebbe Als og færøbåden Ottar. De to historiske skibe overvintrer i Nausten på nordsiden af fjorden, hvor vikingeskibslaget har hjemme.

Fra havnen til byens centrum er der ca. fem minutters gang. Mange benytter det smalle stræde Holzstaffel som genvej til Slotsallé. Følger man havnekajen mod øst og krydser dæmningen, kommer man til Lillehavstien, som fører til Krumom, hvorfra man kan fortsætte til Brovold og Mjangdam.